從菌肥和有機肥的作用機理來看。菌肥其實是一群微生物，可以給特定的作物提供有利于作物生長的微生物。要明白，微生物肥料不是直接提供給作物營養(yǎng)的，而是通過微生物的生命活動來為作物增加養(yǎng)分，促進生長的。有機肥直接給農(nóng)作物提供養(yǎng)分。有機肥可以通過在土壤中不斷礦化，長期為作物提供多種養(yǎng)分和活性物質，特別是有機質中豐富的碳源可以促進植物生長。

　　我們從功能上看一下菌肥和有機肥的區(qū)別。微生物肥料主要有四大功能，包括增加土壤肥力，防治有害微生物，促進植物生長，改良作物品質。我們以多孢菌為例來說明這幾種功能：

1多孢菌進入土壤后，能分解固化的無機鹽，使之成為植物可以吸收利用的養(yǎng)分，從而降低含鹽量，緩解土壤鹽漬化，促進土壤團粒結構的形成，提高土壤保水保肥能力，從而增加土壤肥力；

2多孢菌能代謝和分泌細菌素(枯草桿菌蛋白酶、多粘菌素、幾丁質等。)、脂肽類化合物、有機酸等。這些代謝產(chǎn)物能有效控制病原菌的生長或溶解病原菌，對重茬有較高的抗性；

3在適宜的培養(yǎng)條件下，多孢菌菌株產(chǎn)生的具有促進作物生長功能的活性物質包括赤霉素、吲哚乙酸、細胞分裂素等。從而提高作物生長刺激劑的水平，從而促進作物生長和繁殖。

有機肥的作用在于營養(yǎng)均衡，肥效持久穩(wěn)定。有機肥可以活化土壤酶，促進根系發(fā)育。有機肥還能為土壤微生物活動提供能量和養(yǎng)分，促進微生物活動，加速有機質分解，生成能促進作物生長和提高農(nóng)產(chǎn)品品質的活性物質。