微生物肥料產(chǎn)品中的菌種類不是越多越好。主要原因是產(chǎn)品中的微生物類型須是能生存功能上互補的。混合后的每個菌種都應(yīng)保持較高的生存力，不相互拮抗。施于土壤后還能從土壤中分離到一定數(shù)量的與微生物肥料制造中相同的菌株。

其次，每種微生物肥料產(chǎn)品中的菌種的功能應(yīng)該是互補的。將不同功能的菌種結(jié)合到一個產(chǎn)品中，實現(xiàn)產(chǎn)品功能的多樣化和應(yīng)用效果的穩(wěn)定。一般來說，同一種產(chǎn)品中大約有3種左右的菌種。含有太多菌種的微生物肥料被用于農(nóng)田。由于土壤生態(tài)環(huán)境中各種因素的影響，往往存活下來的有效細(xì)菌是有限的。

含有過多菌種的微生物菌施用于農(nóng)田后，能存活并繼續(xù)繁殖其菌株的菌株并不等于原來加入的菌株。目前發(fā)現(xiàn)有很多盲目的菌種組合，比如把幾種不同功能的芽孢菌放在一個產(chǎn)品中，這樣失去了合理的菌種組合可以拓展應(yīng)用功能的目的。微生物肥料施用的土壤環(huán)境是多樣的，同一種菌肥中存在著功能相同的不同菌株，會表現(xiàn)出不同的存活率。