與傳統(tǒng)的化肥和農藥相比，微生物肥料有很大的優(yōu)勢。它能有效地改良土壤肥力，增加化肥和能源的利用率。同時，微生物肥料在綠色有機食品生產、農業(yè)生態(tài)環(huán)境保護和高產的可持續(xù)發(fā)展中發(fā)揮著重要作用。

改良作物質量，提高作物產量

微生物肥料促進植物生長的機理是產生生長素、控制病原菌、根際固氮和分解難溶性磷、鉀元素等。

減少了生產成本。

微生物肥料之所以能減少生產成本，是因為它能增加土壤中的有效養(yǎng)分，所以所需量并不大，而微生物生產過程耗能更少。同時，由于土壤元素利用率的提高，化肥的施用量會減少。這些因素的綜合作用是減少生產成本。

減少了環(huán)境污染。

微生物本身一般是無害的，不會污染環(huán)境。同時，施用生物肥料，如固氮類生物肥料，不但可以適當減少化肥的施用量，而且固定的氮可以直接儲存在生物體內。相對來說，環(huán)境污染的幾率要小很多。

有效利用了大氣中的氮或土壤中的養(yǎng)分資源。

如何將土壤中無效態(tài)磷、鉀轉化為可被作物吸收利用的有效養(yǎng)分，微生物肥料的應用無疑為這一問題提供了很好的解決方案。比如我們所知道的各種固氮微生物，都可能在其中發(fā)揮重要作用。

可以在部分程度上改良土壤的理化性質。

化肥使用量減少，減少了其對土壤養(yǎng)分、結構等方面不利影響。又減少土壤養(yǎng)分流失和富營養(yǎng)化產生。