根瘤菌肥料根瘤菌能與豆科植物共生、結(jié)瘤和固氮。用這種菌產(chǎn)生的微生物肥料被稱為根瘤菌肥料。

固氮菌肥料自生固氮菌不與植物共存，沒有寄主選擇，獨自生存在土壤中，能將空氣中的游離分子氮固定下來，轉(zhuǎn)化為植物可以利用的化合氮素。自生固氮菌和固體氮統(tǒng)稱為自養(yǎng)固氮微生物；這種細菌產(chǎn)生的肥料被稱為固氮菌肥。

磷細菌肥磷細菌能分解土壤和有機物中的有機磷化合物或轉(zhuǎn)化土壤中的難溶性磷酸鹽。這種菌產(chǎn)生的肥料叫做磷細菌肥料。如磷細菌、解磷真菌、菌根菌劑等。磷酸鹽菌肥能分解土壤中的含鉀的磷酸鹽和磷灰石，如云母、長石等，并釋放出鉀，如磷酸鹽細菌其他解鹽微生物制劑。

鉀細菌肥料鉀細菌又稱“硅酸鹽細菌”，能強烈分解土壤中硅酸鹽中的鉀，轉(zhuǎn)化為可供作物利用的有效鉀。此外，它還具有分解土壤中難溶性磷的能力。這種菌產(chǎn)生的微生物肥料成為鉀細菌肥料。

復(fù)合微生物肥料利用兩種或兩種以上的微生物肥料，稱為復(fù)合微生物肥料。此外，根據(jù)產(chǎn)品中添加的有機肥、無機肥、微量元素肥、植物生長刺激素等其他物質(zhì)，又可以區(qū)分為有機生物肥,有機-無機復(fù)合生物肥等